Egyetemi tanulmányait a Budapesti Műszaki Egyetem Építészmérnöki Karán 1954-ben kezdte és 1959-ben fejezte be. 1959 és 1977 között különböző állami tervezővállalatoknál dolgozott, de közben munkatársaival a vidéket járta, hogy az akkor elsorvadásra ítélt falvakban kulturális egyesületeket szervezzen és faluházakat építsen azok megmaradása érdekében. Sárospatakon a panel típusú házaknál jóval költségkímélőbb lakóházakat is építeni kezdtek, de akkoriban ezt az állami vezetés nem nézte jó szemmel, így ő önkéntes száműzetésbe vonult, és 1977-81 között a Pilisi Parkerdő Gazdaság főépítészeként dolgozott.
Számos középületet (templomot, művelődési házat) tervezett, elsősorban vidéki városokban. Teljesen egyéni kompozíciójú épületeivel vált híressé, az organikus építészeti stílus megteremtője. Első figyelemreméltó munkája a paksi templom: a karcsú, tűhegyes csúcsban végződő tetőzetű, ívelt kapubejáratú épület országos hírnevet hozott számára. Hasonlóan turistalátványosság és stílusának karakteres hordozója a siófoki evangélikus templom, míg a Farkasréti temető ravatalozójának belső tere egy emberi mellkast modellez.
Több mint tíz évig dolgozott a Pázmány Péter Katolikus Egyetem középkori hangulatot keltő piliscsabai épületegyüttesén, jellegzetes stílusjegyeit hordozza újabb munkái közül a makói Hagymaház és az egri uszoda. Talán legismertebb műve az 1992-es sevillai világkiállításra tervezett magyar pavilon. A templomhoz is hasonlítható héttornyos épület bárkaszerűen bordázott fa tetőzetrendszere különleges látványt nyújtott, akárcsak a földszint üvegpadlója alá nyúló, így gyökérzetét is megmutató csupasz tölgyfa. A csónakforma az Újvilágot 500 éve felfedező Kolumbusz emlékét, a tornyokba zárt harangok a nándorfehérvári diadalt idézték meg. E művéért megkapta a Magyar Köztársasági Érdemrend Középkereszt a Csillaggal kitüntetést.
Makovecz Imre száznál több különböző funkciójú, jellegzetes épületet alkotott. A fát nem díszítőelemként, hanem szerkezetként használta, művei környezetükbe illenek, emberbarát, természetes anyagok felhasználásával készültek. Szerinte az épületnek úgy kell kinéznie, mintha az alja a földből nőtt volna ki és a teteje az égből esett volna le rá. Szándéka az volt, hogy egylényegűvé váljon az épület a környezettel, szervesen illeszkedjen a tájba. Emberközpontú, "látó" házainak szemük van (két ablak vagy ajtó), amivel a "belső lényeget" kívánja kifejezni, azt, hogy az épület lény.
1987-től tanára volt a Nemzetközi Építészeti Akadémiának, 1992-ben az akkor megalakult Magyar Művészeti Akadémia elnökévé választották, tanított a Budapesti Műszaki Egyetemen és az Iparművészeti Főiskolán.
Munkássága elismeréseként 1969-ben a legrangosabb építőművészeti szakmai díjjal, az Ybl-díjjal, 1990-ben Kossuth-díjjal, 1996-ban Magyar Örökség Díjjal tüntették ki. 2001-ben megkapta a Corvin-láncot, 2003-ban a Prima Primissima díjat. 2008-ban Teleki Pál-érdemérmet kapott, 2009-ben Főépítészi Életműdíjjal tüntették ki. 2010-ben Zala megye, 2011 júniusában Budapest díszpolgárává választották. 2011. szeptember 10-én még átvette a Szent István-díjat az esztergomi Vármúzeum Korona-termében.
Makovecz Imre konzervatív közéleti személyiségként is ismert volt. Makovecz Imre tervei alapján épült meg 2002-ben Dunaszerdahelyen a római katolikus templom. Makón több épület is az ő nevéhez fűződik: az 1996-ban épült Hagymaház, a 2010-ben átadott autóbusz-pályaudvar, valamint a Búza utcai bölcsőde és a makói gyógy- és termálfürdő is.
Makovecz Imre több évtizeden át volt kerületünk lakója. A magyar organikus építészetben betöltött kimagasló tevékenységéért, valamint életműve elismeréseként kapta meg az Újbuda díszpolgára címet 2010-ben, a Kerület Napján. A november 11-i ünnepi fogadáson sajnos már nem tudott részt venni, így a kerület vezetése személyesen vitte el neki az elismerést igazoló dokumentumot utolsó születésnapján.
Kerületünk díszpolgárát, szeptember 27-én ragadta magával a halál.